玉米是异花授粉作物，为了使所得种子确实可靠，就必须保证在开花期不受其它品种的花粉串杂，因此，在制种时必须抓好以下工作。
    一、隔离区：选择隔离区可采取三种方法。第一，空间隔离。自交系繁殖田四周要求至少有500米距离不种玉米，杂交制种田要求不少于300米。第二，时间隔离。错开一般玉米播种时间，提前或推后，使所繁殖的自交系或杂交种在开花时不至有其它玉米花粉串杂。第三，屏障隔离。利用山谷、树林等自然屏障进行隔离，在不得已情况下，也可以在制种区四周或一定方向种植高大作物如向日葵、高粱、大麻等。白交系繁殖田四周种100行以上，杂交制种区四周应种50行以上。屏障作物播种期应比玉米早。
    二、制种区要保证有足够的父本花粉：为了配制出真实可靠，高质的杂交种，要根据父本花粉量的多少来确定父母本行数比例。花粉少的则可采取2:2方式为宜。制种田边行可种3一4行父本，父本行可点种豆子为标号，以便识别。
    三、如何使父母本花期相遇？有些父母本生育期不同必须采取父母本错期播种。这就要事先了解父母本的生育迟早，如两者相差显著，就要错期播种，以保证母本在抽丝盛期能与父本散粉期相遇。一般情况下，母本抽丝期能比父本散粉提早1一3天为好。
    四、严格去杂：为了保证自交系纯度和提高制种质量，在整个制种过程中，要严格去杂三次。第一次在定苗以前，这时主要是根据各自交系的叶色、叶梢色、叶片宽窄和波曲程度拔除杂株。第二次在拔节前去杂，第三次在收获前进行，主要是根据穗形、粒形、粒色、轴色等性状去杂。
    五、母本及时去雄、进行人工辅助授粉：为防止母本花粉串杂，当母本一开始抽雄，就要及时去雄，做到风雨无阻，一日不漏，将母本雄穗全部拔除，并做到及时远运处理，以防花粉飞散。为了提高结实率，可采取人工辅助授粉，特别是在父母本花期不协调，父本缺苗或因气候反常而造成花粉不足时，人工授粉尤为重要。其方法是在父本花粉成熟时，晴天上午十时开始，用采粉器将父本雄穗花粉取下，放到授粉器内，授到母本雌花上。
    六、分收单藏，防止混杂：收藏是制种工作最后一关，其中包括收割、运输、晾干、脱粒、装运、贮藏等工序，必须严格把关，防止一切可能引起混杂的因素。